L'agence bénéficie d'une autonomie très relative. Les Etats jouent un rôle déterminant dans la prise de décision de déclencher une opération de surveillance d'une frontière sensible. Ne disposant pas de moyens techniques, Frontex est tributaire de l'équipement (avions, navires...) prêté par les Etats. Elle pourrait théoriquement s'en doter, mais ses ressources - 106 millions d'euros pour 2015 - prélevées sur le budget général de l'UE, ne lui permettent pas.