Le refuge: Raymond de Péreille, seigneur local, aurait été sollicité par l'Eglise cathare vers 1204 pour "reconstruire" un castrum (village fortifié) au sommet de la montagne (pog). En s'installant avec leurs proches sur ce site déjà occupé du Néolithique à l'Age de bronze, les religieux cathares changent sa destinée. A partir de 1232, il devient "le siège et la tête" de l'Eglise proscrite.

Il accueille aussi les membres des famillesseigneuriales occitans dont Raymond de Péreille et Pierre Roger de Mirepoix qui en assurent la défense.

Selon la chronique rédigée par Guillaume de Puylaurens, "Il y avait là un refuge public de toutes sortes de malfaiteurs et d'hérétiques, comme une synagogue de Satan, en raison de la puissance du castrum qui, situé sur un roc très élevé, paraissait inexpugnable."  

Le siège: En mai 1243, l'archevêque de Narbonne, l"évêque d'Albi et le sénéchal de Carcassonne engagent, au pied du pog, le siège le plus long de la croisade contre les Albigeois. Il dure jusqu'en mars 1244. Pendant huit mois, les lignes de défense successives, établies en travers du chemin d'accès, parviennent à contenir les croisés. Ce n'est que lorsque les attaquants d'emprunter l'abrupte extrêmité nord-est, de nuit, qu'ils prennen pied sur la montagne. Ils aménagent alors un accès pour acheminer, poutre après poutre, leurs machines de guerre, et remontent peu à peu la crête. Les assiégés, eux, se replient jusqu'à une barbacane, ouvrage fortifié situé à mi-parcours.

Pilonnés par d'énormes boulets de pierres, ils doivent abandonner cette nouvelle ligne de défense. Ils parviennent à repousser une ultime attaque près du sommet. Mais, sans espoir de secours les armes. Une trêve de 15 jours permet à ceux qui ont décidé de ne pas renier leur foi de faire leurs adieux à leurs familles et au monde matériel.

"L'an 1244, au mois de mars fut pris le castrum de Montségur, où l'on trouva deux cent cinq hérétiques des deux sexes. Ils y furent brûlés près du pied de cette montagne." (chronique de l'abbaye de Berdous)

Le château des Lévis. Alors que les survivants du bûcher sont soumis aux interrogatoires de l'Inquisition, le castrum est remis aux seigneurs de Lévis qui avaient reçu la terre de Mirepoix en récompense de leurs services durant la croisade. Ces derniers érigent le château actuel et font du site une de leurs places fortes. Ils cherchent à contrôler cette partie montagneuse de leur domaine face au puissant comte de Foix.

Les inventaires de 1540 mentionnent encore un château en état de défense. Mais il est  signalé "à l'état de ruine" en 1673 et sert, après la Révolution et au long du XIX° siècle de carrière de pierres.

Après avoir détruit le castrum cathare en 1244, les Lévis, venus d'Ille-de-France, nouveaux seigneurs du lieu, érigent une forteresse au sommet du pog. Epousant l'assiette rocheuse, ce château se compose d'un donjon rectangulaire soudé à une enceinte percée de deux portes. Les accès se font alors par un palier de bois escamotable. Ils sont protégés par des hourds (galeries de bois en hauteur, en encorbellement contre le mur). Le mur a été épaissi en "bouclier" pour faire face au seul endroit où un assaillant pourrait installer des machines de jet. Tout autour de la cour, des bâtiments à étage, recouverts de tuiles prennent appui contre les murs de l'enceinte.  

Le village cathare. Le site n'est pas propice à l'installation d'un village: pas de source, des surfaces escarpées, un accès difficile. Pourtant, dès sa construction vers 1204, des maisons religieuses communautaires s'y installent. Après le lancement de la croisade en 1209, et notamment à partir de 1232, l'Eglise cathare du Toulousain et des représentants de la noblesse alliée de Raymond de Péreille s'y réfugient. Ce sont des familles de croyants ou de faidits, ces chevaliers dépossédés de leurs terres, avec leurs soldats et leurs personnels. Environ cinq cents personnes, religieux et laïcs, vivent sur la montagne.

Ils entretiennent des liens étroits avec le pays d'Olmes qui les approvisionnent, ou plus lointains lorsque la situation politique se tend. La transcription de dix-neuf dépositions des survivants devant l'Inquisition parvenues jusqu'à nous, et les objets mis au jour à l'occasion de fouilles archéologiques et déposés au musée de Montségur, nous livrent des indices de leur vie quotidienne.  

Pendant quarante ans, c'est une véritable "société cathare" qui est installée ici. Les religieux font de grandes prédications publiques, une catéchèse au quotidien. Ils prennent des risques pour administrer le consolament permettant le salut de l'âme. Les repas communautaires lient religieux et croyants autour de la bénédiction et du partage du pain selon la mode de l'Eglise primitive. "J'ai vu Montségur, dans les maisons de Pierre Roger de Mirepoix, de Roger de Péreille et des autres chevaliers et autres sergents, tant de fois des parfaits que je ne peux me le rappeler (...), dans les maisons desquels ces parfaits ou parfaites venaient, (...) dans les rues ou les maisons, on les adorait..." (Déposition de Fays, femme de Guillaume de Plaigne, devant l'Inquisition).    

Le système de défense cathare. Durant la première moitié du XIII° siècle, un village se fortifie sur cette montagne (le castrum). On peut penser qu'il y avait un logis seigneurial où vivait Raymond de Péreille et peut-être un deuxième pour Pierre Roger de Mirepoix. Les maisons des cathares et proscrits occitans se développent tout autour. Les lices (espace compris entre deux murailles) impliquent l'existence d'une enceinte autour du village.

La plus sûre défense de ce site est naturelle: un dénivelé de deux cents mètres et des falaises abruptes. Le côté sud présente une pente moins rude et a du être renforcé par des murailles supplémentaires. Des marches taillées dans le rocher, dites en pas d'âne pemettaient aux montures et animaux de bât de les gravir. Elles constituent le chemin d'accès. 

La religion cathare: forme médiévale du christianisme, elle s'est développée dans différents pays européens. Se réclamant des évangiles, ses adeptes se considèrent comme la vraie Eglise du Christ et des apôtres, à la différence de celle de Rome qui a, selon eux, perverti l'héritage initial. Ils croient en deux principes créateurs, l'un pour le bien, l'autre pour le mal. Les âmes d'ici-bas, enfermées dans le corps de chair, ont oublié leur origine divine. Elles peuvent toutefois être sauvées en recevant le Consolament  qui unit l'âme à l'Esprit Saint. Ce baptême par imposition des mains est l'unique sacrement cathare. Les coroyants se refusent à communier, adorer la croix...

En Occitanie, le catharisme se constitue en véritable église, structurée, hiérarchisée, avec à sa tête un corps clérical d'évêques et de diacres. Ceux qui ont reçu le consolament s'engagent à une vie ascètique de type monastique, à cette diférence près qu'ils sont installés au coeur des bourgades. Là, ils mènent une vie communautaire dans des maisons de femmes ou d'hommes ouvertes à tous. Ils ne prélèvent pas la dîme mais travaillent et prient à la vue de tous. Ils se nomment eux-mêmes "bons hommes" et "bonnes femmes" et leurs fidèles "bons croyants".