Le 7 septembre 1978, il quitte Toulon pour Cherbourg où il arrive le 20 septembre. Il y entre en grand carénage (1er novembre 1978 à octobre 1979), puis quitte Cherbourg le 3 octobre 1979. Il est de retour à Toulon le 28 octobre 1979.
Le 21 octobre 1986, l'escorteur rapide L'Alsacien est coulé en Méditerranée par le sous-marin Flore.
Le sous-marin Flore est placé en réserve normale en 1988. Le 3 mars 1989, il effectue sa dernière plongée en Méditerranée, puis gagne Lorient le 29 mars 1989, date à laquelle il est retiré du service actif. La dernière levée des couleurs a lieu à Lorient le 19 mai 1989. Le 29 novembre 1994, il est mis en réserve spéciale et est toujours ventilé afin de permettre sa conservation.
Le sous-marin Flore a parcouru 320 000 milles, soit près de 15 fois le tour de la Terre. Il a passé 41 000 heures en plongée.
Le 12 juillet 1995, le sous-marin Flore est mis au sec sur le slipway de la base de sous-marins de Lorient. Il sera mis à l'abri provisoirement du 3 juillet 1997 au 9 avril 2000 dans l'alvéole n°1, compte tenu de la météo, les vents fort pouvant le déséquilibrer. Ensuite, le sous-marin a été entretenu par d'anciens sous-mariniers bénévoles regroupés au sein de l'association MESMAT (Musée de l'escadrille des sous-marins de l'Atlantique) qui a été créée pour soutenir le projet de transformation du sous-marin en musée naval.

Cité de la Voile – Éric Tabarly.
Pour certains, elle est merveilleuse, mystérieuse. Pour d’autres, elle est imprévisible. Mais tous vous le diront, la mer fascine…
La Cité de la Voile Éric Tabarly propose une visite en 7 escales. Plus de 3 heures à la découverte de la voile et de la course au large. L'aventure océanique nous attend ici à Lorient à travers un espace muséographique ludique et dynamique avec films, manipulations, simulateur de navigation, cinéma 4D... Une découverte inédite de la navigation à voile dans le sillage d’Éric Tabarly, marin hors normes, précurseur passionné et grand concepteur.