Le 7 septembre 1978, il quitte Toulon pour Cherbourg où il arrive le 20 septembre. Il y entre en grand carénage (1er novembre 1978 à octobre 1979), puis quitte Cherbourg le 3 octobre 1979. Il est de retour à Toulon le 28 octobre 1979.
Le 21 octobre 1986, l'escorteur rapide L'Alsacien est coulé en Méditerranée par le sous-marin Flore.
Le sous-marin Flore est placé en réserve normale en 1988. Le 3 mars 1989, il effectue sa dernière plongée en Méditerranée, puis gagne Lorient le 29 mars 1989, date à laquelle il est retiré du service actif. La dernière levée des couleurs a lieu à Lorient le 19 mai 1989. Le 29 novembre 1994, il est mis en réserve spéciale et est toujours ventilé afin de permettre sa conservation.
Le sous-marin Flore a parcouru 320 000 milles, soit près de 15 fois le tour de la Terre. Il a passé 41 000 heures en plongée.
Le 12 juillet 1995, le sous-marin Flore est mis au sec sur le slipway de la base de sous-marins de Lorient. Il sera mis à l'abri provisoirement du 3 juillet 1997 au 9 avril 2000 dans l'alvéole n°1, compte tenu de la météo, les vents fort pouvant le déséquilibrer. Ensuite, le sous-marin a été entretenu par d'anciens sous-mariniers bénévoles regroupés au sein de l'association MESMAT (Musée de l'escadrille des sous-marins de l'Atlantique) qui a été créée pour soutenir le projet de transformation du sous-marin en musée naval.