Les trois étages du village de Rocamadour datent du Moyen Âge, ils reflètent les trois ordres de la société : les chevaliers au-dessus, liés aux clercs religieux au milieu et les travailleurs laïcs en bas près de la rivière.

De rares documents mentionnent qu'en 1105 une petite chapelle était bâtie dans un abri de la falaise au lieu-dit Rupis Amatoris, à la limite des territoires des abbayes bénédictines Saint-Martin de Tulle et Saint-Pierre de Marcilhac. En 1112, Eble de Turenne, abbé de Tulle s'installa à Rocamadour. En 1119, une première donation est faite par Eudes, comte de la Marche. En 1148, un premier miracle est annoncé. Le pèlerinage à Marie attirait les foules. La statue de la Vierge est datée du XIIe siècle. Géraud d'Escorailles, abbé de 1152 à 1188, fit construire les édifices religieux, financés par les dons des visiteurs. Les travaux furent terminés à la fin du XIIe siècle.

Rocamadour bénéficia déjà d'une renommée européenne comme l'atteste le Livre des Miracles du XIIe siècle écrit par un moine du sanctuaire et reçut de nombreux pèlerins. En 1159, Henri II d'Angleterre, époux d'Aliénor d'Aquitaine vint à Rocamadour remercier la Vierge pour sa guérison.

En 1166, en voulant inhumer un habitant, on découvrit un corps intact, présenté comme celui de saint Amadour. Rocamadour avait trouvé son saint. Au moins quatre récits, plus ou moins teintés de légende, présentèrent saint Amadour comme un personnage proche de Jésus.

En 1211, le légat pontifical pendant la croisade des Albigeois, Arnaud Amalric, vint passer l'hiver à Rocamadour. De plus, en 1291, le pape Nicolas IV accorda trois bulles d'indulgence d'un an et quarante jours pour les visiteurs du site. La fin du XIIIe siècle voit l'apogée du rayonnement de Rocamadour et l'achèvement des constructions. Le château est protégé par trois tours, un large fossé et de nombreux guetteurs.

Le déclin : En 1317, les moines quittèrent Rocamadour. Le site fut alors administré par un chapitre de chanoines nommés par l'évêque. Au XIVe siècle, un refroidissement climatique, des famines, des épidémies comme la peste noire ravagent l'Europe. En 1427, une reconstruction est amorcée, mais sans moyens financiers ni humains. Un énorme rocher écrase la chapelle Notre-Dame qui est reconstruite, en 1479, par l’évêque de Tulle.

Par la suite, lors des guerres de religion, le passage iconoclaste de mercenaires protestants en 1562 provoque la destruction des édifices religieux et de leurs reliques. Les chanoines décrivent, dans une supplique au pape Pie IV en 1563, les dégâts causés : « Ils ont, ô douleur! tout saccagé; ils ont brûlé et pillé ses statues et ses tableaux, ses cloches, ses ornements et joyaux, tout ce qui était nécessaire au culte divin... ». Les reliques sont profanées et détruites, y compris le corps de saint Amadour. Selon les témoins, le capitaine protestant Bessonie le rompt à coups de marteau de forgeron en disant : « Je vais te briser, puisque tu n'as pas voulu brûler ». Les capitaines Bessonie et Duras tireront, au profit de l'armée du prince de Condé, la somme de 20 000 livres de tout ce qui composait le trésor de Notre-Dame depuis le XIIe siècle. Le site fut une nouvelle fois pillé sous la Révolution.

Au début du XIXe siècle, les sanctuaires de Rocamadour étaient dans un état de délabrement important, des arbres poussaient dans le grand escalier, la plupart des commerçants étaient partis. Trois sanctuaires étaient en service (églises Saint-Sauveur et Saint-Amadour, chapelle Notre-Dame), deux sont en mauvais état (Saint-Michel et Saint-Blaise), les deux autres sont ruinés (Sainte Anne et Saint-Jean-Baptiste). La toiture de l'église Saint-Sauveur était à refaire, le mur extérieur de la face du midi accusait un surplomb de trente centimètres sous la poussée des voûtes surchargées de gravats. En 1831, Jacques-Antoine Delpon écrivait : « Tout annonce que cet oratoire célèbre ne subsistera pas longtemps ».

Une volonté politique naquit en France pour la conservation des monuments historiques. Le 13 avril 1830, M. Baumes, préfet du Lot, écrivit une lettre pour demander une aide urgente au ministre de l'Intérieur. Il y joignit un devis, qui s'élevait à 8 500 francs, établi en 1822 par l'abbé Caillaux. Cette lettre resta sans réponse. Une liste des monuments fut dressée pour le Lot, la chapelle de Rocamadour y apparut prioritaire, mais aucun financement ne fut accordé par l'État ou par la municipalité de Rocamadour, ruinée par un procès.

Début 1855, monseigneur Jean-Jacques Bardou, évêque de Cahors, eut l'idée de lancer une grande loterie pour rassembler des fonds. Le ministère de l'Intérieur imposa comme préalable l'établissement de plans et de devis pour les travaux. L'architecte départemental réalisa ces documents et évalua la dépense prévisible à 318 819,71 francs. Trois tirages eurent lieu : 15 décembre 1856, 30 juin 1857 et 31 décembre 1857. 600 000 billets de 1 franc sont émis, mais la loterie ne rapporta que 84 624,63 francs, soit le quart de la somme nécessaire aux travaux.

L'abbé Jean-Baptiste Chevalt, prêtre architecte et archéologue du diocèse de Montauban fut chargé par monseigneur Bardou de la conduite des travaux qui débutèrent en 1858. En l'absence de financement public et pour éviter de nouveaux retards, l'évêque refusa de soumettre les travaux au contrôle de la commission des monuments historiques, d'où d'importantes tensions que tempéra le préfet du Lot.

L'épreuve finale du pèlerinage consistait à gravir à genoux les 216 marches conduisant à la cité religieuse (qui comprend sept églises, et douze autres que les restaurations du XIXe siècle n'ont pu relever). Enfin parvenus à l'intérieur des sanctuaires après cette ascension, les pèlerins laissaient en ex-voto divers objets. Les plus connus restent les fers de condamnés libérés de leurs chaînes, les bateaux de marins sauvés et reconnaissants, ou les plaques de marbre gravées et accrochées au mur de la chapelle au XIXe siècle et au XXe siècle. L'insigne des pèlerins est la sportelle.

Bien plus que présentant les reliques du corps d'Amadour, le succès du site vint des miracles de la Vierge noire dont la cloche miraculeuse signalait par son tintement le sauvetage en mer de marins. Cette reconnaissance du monde des marins valut à Notre Dame de Rocamadour d'être vénérée dans plusieurs chapelles comme au Finistère ou au Québec. L'Église encouragea également ce pèlerinage par l'attribution à perpétuité d'indulgences plénières aux personnes qui recevraient les sacrements de la pénitence et de la communion à Rocamadour. Les plus célèbres sont celles du Grand Pardon de Rocamadour, lorsque la Fête-Dieu arrive, assez exceptionnellement, le jour de la Saint Jean-Baptiste (24 juin). Les jours de grands pardons où l'indulgence plénière est accordée, plus ou moins 30 000 personnes se pressent à Rocamadour.

Merveille de l'Occident, le Mont Saint-Michel se dresse au cœur d'une immense baie envahie par les plus grandes marées d'Europe. C'est à la demande de l'Archange Michel, "chef des milices célestes", qu'Aubert, évêque d'Avranches construisit et consacra une première église le 16 octobre 709. En 966, à la demande du Duc de Normandie, une communauté de bénédictins s'établit sur le rocher. L'église préromane y fut alors élevée avant l'an mil.
Au XIème siècle, l'église abbatiale romane fut fondée sur un ensemble de cryptes, au niveau de la pointe du rocher et les premiers bâtiments conventuels furent accolés à son mur nord. Au XIIème siècle, les bâtiments conventuels romans furent agrandis à l'ouest et au sud.

Merveille de l'Occident, le Mont Saint-Michel se dresse au cœur d'une immense baie envahie par les plus grandes marées d'Europe. C'est à la demande de l'Archange Michel, "chef des milices célestes", qu'Aubert, évêque d'Avranches construisit et consacra une première église le 16 octobre 709. En 966, à la demande du Duc de Normandie, une communauté de bénédictins s'établit sur le rocher. L'église préromane y fut alors élevée avant l'an mil.
Au XIème siècle, l'église abbatiale romane fut fondée sur un ensemble de cryptes, au niveau de la pointe du rocher et les premiers bâtiments conventuels furent accolés à son mur nord. Au XIIème siècle, les bâtiments conventuels romans furent agrandis à l'ouest et au sud.